Η έρευνα είχε προγραμματισθεί για τον εντοπισμό και την καταγραφή εναλίων πολιτιστικών αγαθών στην ευρύτερη περιοχή του κόλπου του Ηρακλείου Κρήτης, προκειμένου να επαναπροσδιοριστούν οι στόχοι των ήδη εντοπισμένων αρχαίων ναυαγίων της έρευνας του πλοιάρχου Κουστώ, αλλά να εντοπισθούν και νέοι στόχοι με ευρήματα σε έναν θαλάσσιο χώρο με έντονη ναυσιπλοΐα από την Προϊστορική περίοδο έως σήμερα.
Τα νέα ευρήματα είναι δύο ναυάγια ρωμαϊκών χρόνων, το ένα με κρητικούς αμφορείς του 1ου - 2ου αι. μ.Χ. και το άλλο με υστερορωμαϊκούς αμφορείς (5ος - 7ος αι. μ.Χ.), καθώς και δύο με βυζαντινούς αμφορείς, το ένα χρονολογούμενο στον 8ο - 9ο αι. μ.Χ. και το δεύτερο μεταγενέστερα. Επανεντοπίστηκε, επίσης, φορτίο ναυαγίων με ροδιακούς αμφορείς του 1ου - 2ου αι. μ.Χ., το οποίο είχε εντοπίσει και μερικώς είχε ανασκάψει το 1976 ομάδα αρχαιολόγων τού τότε Υπουργείου Πολιτισμού και Επιστήμων και του Cousteau.
Όλα τα ναυάγια τεκμηριώθηκαν με μετρήσεις και ανέλκυση ευρημάτων, κινηματογραφήθηκαν και αποτυπώθηκαν φωτογραφικά σε εικόνες υψηλής ανάλυσης για τη δημιουργία φωτομωσαϊκών.
Εκτός από τα παραπάνω εντοπίσθηκαν και τρία ναυάγια νεωτέρων χρόνων, που προστατεύονται από τον αρχαιολογικό νόμο ως πολιτιστικά αγαθά, αλλά και τέσσερις περιοχές προσωρινής αγκυροβολίας (καταφύγια), που περιέχουν αρχαιολογικό υλικό διαφόρων εποχών και προελεύσεων (αμφορείς, χρηστικά και επιτραπέζια αγγεία, λίθινες και μολύβδινες άγκυρες, αλιευτικά βάρη κλπ.).
Λόγω του τεράστιου ενδιαφέροντος των αποτελεσμάτων της έρευνας, η ΕΕΑ θα τη συνεχίσει και το 2012.
Τη διεύθυνση της έρευνας είχε ο καταδυόμενος αρχαιολόγος δρ. Θ. Θεοδούλου, με τη συμμετοχή των συναδέρφων του της ΕΕΑ, Δ. Ευαγγελιστή και Γ. Κουτσουφλάκη. Προϊσταμένη της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων είναι η Δρ. Αγγελική Γ. Σίμωσι.
Την έρευνα υποστήριξαν ο Οργανισμός Λιμένος Ηρακλείου και ο Παγκρήτιος Όμιλος Φουσκωτών Σκαφών.
Επιπλέον, λεπτομερής υποβρύχια αποτύπωση των ορατών στον πυθμένα κτιριακών καταλοίπων, διενεργήθηκε στη θαλάσσια περιοχή Πηγαδάκια του κόλπου της Γέρας, όπου το 1995 είχαν εντοπιστεί σε βάθος 2,5 μέτρων, θεμελιώσεις κτιρίων και πλήθος οστράκων.
Στη νέα επιχείρηση αποτυπώθηκε μια κτιριακή ενότητα, που αποτελείται από ορθογώνιους χώρους (δωμάτια) ενδεικτικών διαστάσεων 4,10 Χ 6,33 μ., 3,10 Χ 6,23 μ., 2,30 Χ 3,15 μ., σε κάποια από τα οποία διασώζονται δάπεδα με κεραμική πλακόστρωση, που συνθέτουν μια εξαιρετικά επιμελημένη κατασκευή. Ανατολικά εντοπίζεται μεγάλος ορθογώνιος χώρος διαστάσεων 31,68 Χ 5,00 μ. με δάπεδο από ασβεστοκονίαμα, που τον οριοθετούν τοίχοι πάχους 45 και 60 εκατοστών, ενώ διακρίνονται και τμήματα πήλινων αγωγών. Πολλοί από τους τοίχους των κτιρίων αυτών σώζονται σε ικανό ύψος, περίπου μισό μέτρο πάνω από τη θεμελίωση, ενώ εντοπίστηκε λίθινο τμήμα, που φέρει ραβδώσεις ημιβυθισμένο, που δεν είναι γνωστό αν πρόκειται για κίονα.
Η Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων προβλέπει τη διενέργεια υποβρύχιας ανασκαφικής έρευνας στην περιοχή, ώστε να προσδιοριστεί η έκταση του βυθισμένου οικισμού και η χρονολόγησή του αλλά το σημαντικότερο, να προσδιοριστεί εάν τα θεμέλια αυτά αποτελούν την προέκταση του αρχαίου παράλιου οικισμού του Κάτω Τρίτους που χρονολογείται από τον 3ο αι. π.Χ. ως τον 3ο αι. μ.Χ.
Η υποβρύχια αποτύπωση πραγματοποιήθηκε από καταδυτικό κλιμάκιο της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων αποτελούμενο από την καταδυόμενη αρχιτέκτονα Αικατερίνη Ταγωνίδου, τον καταδυόμενο Πολιτικό Μηχανικό Αθανάσιο Στεργίου και τον δύτη Βασίλη Γλέζο, με την αμέριστη βοήθεια του δήμου Λέσβου.
Τέλος, άνθρωποι της ΕΕΑ πραγματοποίησαν υποβρύχια αρχαιολογική έρευνα στην Τήλο, κατά το διάστημα 29 Οκτωβρίου έως 4 Νοεμβρίου, και επαναπροσδιόρισαν δύο ήδη από το παρελθόν εντοπισμένα ναυάγια. Η ύπαρξη των ναυαγίων αυτών στον όρμο των Λιβαδίων της μακρινής Τήλου, δίνει νέα στοιχεία για τη ναυτική ιστορία του νησιού από τους αρχαίους ακόμα χρόνους.
